מחלקת כלואים פועלת למען המטרות הבאות:

 

• מאבק כנגד כבילת כלואים בבתי חולים.
• מאבק כנגד בידוד והפרדה בבתי הכלא בישראל.
• מאבק נגד עינויים ומעורבות רופאים בעינויים בישראל. 

• ניסיון לקיים דיאלוג עם שב"ס על מנת לאפשר ביקורת חיצונית ושיפורים חיוניים.
• הגברת הבקרה על הנעשה בשב"ס, במיוחד בתחום הבריאות, והגברת שקיפות מתקני הכליאה על ידי הבאת נתוני הבקרה לידיעת הציבור.
• מאבק למען מימוש זכותם של כלואים להתלונן על תנאי כליאה ונגישות לטיפול רפואי לגורמים מחוץ למערכת הכליאה וטיפול מקצועי בתלונותיהם.
• בחינת האפשרות להוצאת מערך הרפואה של שב"ס מכפיפות לשב"ס ולמשרד לביטחון פנים, והעברת האחריות עליו למשרד הבריאות או משרד המשפטים.

 

דרכי פעולה - לצורך קידום מטרות אלה, המחלקה מפיצה את המידע שנאסף על ידה בדוחות ובתקשורת, מגישה עתירות אסיר ועתירות לבג"ץ, עורכת פעילות לובי בכנסת ויוזמת פעילויות חינוך והסברה.