החל מסוף שנות ה-80 ובמהלך שנות ה-90 הגיעו לישראל עשרות אלפי מהגרי עבודה, זאת בעקבות הסגר שהטילה ישראל על השטחים הכבושים ואשר מנע מעובדים פלסטינים לעבוד בישראל. מחסור בעובדים ולחץ מצד מעסיקים הובילו את ממשלת ישראל להעניק היתרים לכניסת מהגרי עבודה, בעיקר בענפי החקלאות והבניין. במהלך השנים, עלה מספר ההיתרים גם בענף הסיעוד. מנתוני הלשכה המרכזית לסטטיסטיקה עולה כי בשנת 2005 שהו בישראל 180,000 מהגרי עבודה, מתוכם רק כ- 100,000 בעלי אשרה חוקית.

אחד מתנאי ההעסקה של מהגרי עבודה בישראל נודע בשם 'מדיניות הכבילה', מדיניות זו מתנה את אשרת העבודה החוקית של המהגר בהישארותו אצל המעביד אליו הוא מיועד (שמו של המעביד נרשם בדרכונו של העובד). מדיניות זו הובילה לכבילת העובד למעביד ופתחה פתח לניצול קשה של אלפי מהגרים על ידי מעסיקיהם. עשרות אלפי עובדים אשר העזו לעזוב את מעבידיהם במרוצת השנים, מכל סיבה שהיא (ניצול העובד, חילוקי דעות, מות המעביד), איבדו באופן אוטומטי את אשרת העבודה והשהייה שלהם והפכו בעל כורחם לשוהים בלתי חוקיים.

בנוסף למהגרי עבודה, שוהים בישראל כאלפיים פליטים ומבקשי מקלט מדיני. נציבות האו"ם לפליטים בוחנת את בקשות למקלט מדיני  ומעבירה אותם לוועדה מייעצת מטעם משרד הפנים אשר אמורה לבדוק כל בקשה לגופה ולהחליט באם להעניק למבקש מעמד פליט. רק מעטים ממבקשי המקלט זוכים למעמד פליט. חלק מהאישורים הניתנים הם אישורים לפליטים הומניטריים, אלו הם אישורים זמניים הניתנים למבקשי מקלט אשר מלחמה פרצה בארצם ומסכנת את חייהם. עם סיום הסכסוך יתבקשו לעזוב. על פי החוק הבינלאומי, מבקשי מקלט מגישים בקשה אישית ועליהם להוכיח כי הם חוששים באופן מבוסס מרדיפה בארצם. אם יוכרו כפליטים, יקבלו מעמד של תושב ארעי המקנה זכויות לרוב השירותים החברתיים כולל הזכות לבריאות. במהלך החודשים ושנים בהם הבקשה נבדקת אמורים מבקשי המקלט לקבל הגנה מטעם מדינת ישראל. הם אמנם מקבלים אשרת שהייה, ולאחרונה גם אשרת עבודה, אך אינם זכאים לשירותים חברתיים. אפילו החולים הקשים וקורבנות העינויים שביניהם אינם זכאים לשירותי בריאות בסיסיים.

מספרן של קורבנות הסחר בנשים למטרת זנות אינו ידוע. ככל הנראה מדובר על אלפי נשים, רובן ממדינות הגוש המזרחי לשעבר. בין השנים 2000-2002 גורשו מעל 1200 נשים לאחר שנעצרו בבתי בושת. מתוכן רק עשרות בודדות מעידות נגד הסוחרים והסרסורים, ולכן הן זכאיות לשהות במקלט מיוחד המעניק להן הגנה ושירותים נוספים. זכותן של נשים אלה לשירותי בריאות הובטחה בעקבות בג"ץ שהגישו 'רופאים לזכויות אדם' ו'מוקד סיוע לעובדים זרים'. עם זאת, רובן המכריע של הקורבנות, אלו אשר חוששות להעיד בבית המשפט, אינן זכאיות לשירותי בריאות.

קורבנות סחר, מהגרי העבודה ופליטים מצטרפים לאוכלוסייה רחבה יותר של בני זוג ובני משפחה של ישראלים אשר מתקשים לממש את זכותם לאיחוד משפחות ונותרים חסרי מעמד אזרחי או בעלי אשרות זמניות בשל חוקי ומדיניות ההגירה הישראלים. מדיניות זו מונעת מבני זוג פלסטינים של אזרחים ישראלים לקבל מעמד בישראל (במקרה זה על פי חוק) ומערימה קשיים על אחרים שאינם יהודים על פי חוק השבות. מדיניות זו פוגעת בעיקר במיעוט הערבי ובאוכלוסיית העולים החדשים מברית המועצות לשעבר ומאתיופיה.

'רופאים לזכויות אדם' פועלת במספר מישורים על מנת לקדם את זכותם לבריאות של מהגרי עבודה, פליטים, מבקשי מקלט מדיני וחסרי מעמד אזרחי.

מרפאה: החל משנת 1998 פועלת מרפאה פתוחה לפליטים, מהגרי עבודה וחסרי מעמד, המופעלת על ידי מתנדבים, ומספקת שירותי רפואה ראשונית ושניונית למהגרים חסרי מעמד וביטוח רפואי. במרפאה מטופלים כ-5000 איש מדי שנה.

טיפול פרטני: רופאים לזכויות אדם' מתאמצת לסייע לכל פונה לקבל מידע על זכויותיו, לקבל טיפול רפואי או להשיג מימון עבורו; בניסיון למנוע גירוש חולים קשים לארצות מוצא שבהן אין אפשרות לתת להם טיפול ראוי ונשקפת להם סכנת מוות; בייצוג עובדים שחלו או עברו תאונות מול חברות ביטוח פרטיות; בתמיכה במבקשי מקלט ועוד. הטיפול הפרטני מחייב מגע רציף עם גופים שונים: חברות ביטוח, קופות חולים, בתי חולים, משרדי ממשלה ואמצעי תקשורת. הטיפול הפרטני כולל מתן מידע על זכויות ועל שירותי בריאות, ונותן מענה למאות פניות בשנה.

סיוע משפטי: סיוע זה משלים את הטיפול הפרטני. בכל שנה ניתן סיוע משפטי בייצוגם של עשרות מהגרי עבודה בעלי אשרה שחברות הביטוח הפרטיות מסרבות לכסות עבורם שירותים חיוניים; בייצוגם של חולים במחלות קשות אשר נמצאים בסכנת גירוש ואשר בארצות מוצאם אין טיפול רפואי למחלה ממנה הם סובלים; בדרישה להעניק שירותי בריאות לפליטים ולמבקשי מקלט; בייצוג משפחות מהגרים שיש להן ילדים חולים כרוניים המבקשות לקבל אשרות תושבות בארץ, ועוד.

פעילות ציבורית-עקרונית: מכוונת להביא לשינוי חברתי ארוך טווח ביחסן של המדינה, הרשויות והציבור לזכויות הבריאות של קבוצות שונות של מהגרים וחסרי מעמד. הפעילות כוללת כתיבה והפצה של דו"חות וניירות עמדה, עבודת לובי מול חברי כנסת ומקבלי החלטות, עבודה בזירה הבינלאומית ועוד.