מאז מלחמת 1967 מצויה האוכלוסייה הפלסטינית בשטחים הכבושים תחת שלטון צבאי הפוגע קשות בחייהם של התושבים. יוצאי דופן הם תושבי ירושלים המזרחית שכן זו סופחה, תוך הפרת החוק הבינלאומי, לישראל.

כנגזר מן החוק הבינלאומי, ישראל קבלה על עצמה אחריות לתושבי השטחים שכבשה ובתוך כך למתן שרותי רפואה לאוכלוסייה הכבושה. מלכתחילה נתפסה האחריות לבריאות כמוגבלת וישראל קיימה שתי מערכות בריאות; האחת לאזרחיה שבתוך הקו הירוק ולמתנחליה שמעבר לו, והשנייה לתושבים הפלסטינים בשטחים הכבושים. הפער בין שתי המערכות והעדר תוכנית פיתוח כוללת לתשתית רפואית – פיסית ואנושית – בשטחים עצמם, הוביל למערכת בריאות פלסטינית בלתי מאוזנת התלויה בשירותי הרפואה בישראל. זו המערכת שהועברה לידי הפלסטינים במהלך 1994 כחלק  מהסכמי אוסלו.

הסכמי אוסלו גם קבעו כי רצועת עזה והגדה המערבית יהיו יחידה טריטוריאלית אחת וחופש התנועה ביניהן יישמר בתנאים המגבילים שקבעה ישראל. באופן מעשי שליטת ישראל על גבולותיה הימיים והיבשתיים של הרצועה היוו גורם מכריע בניתוקה של הרצועה מהעולם החיצון. מסוף שנת 2000, התקופה בה פרצה האינתיפאדה השנייה, וביתר שאת עם ניצחון תנועת החמאס בבחירות והשתלטותו על השלטון ברצועה ביוני 2007, נסגרה הרצועה וכל יציאה של חולים וצוותי רפואה ממנה, או כניסה של תרופות וציוד רפואי אליה, נמנעו אלא באישור מיוחד של מדינת ישראל. במשך תקופה זו חלה הידרדרות מתמשכת במדיניות מתן ההיתרים הישראלית ליציאה של חולים לטיפול רפואי מחוץ לרצועת עזה, המבטאת פן במצור הישראלי המוטל על הרצועה מאז יוני 2007.

חשוב לציין כי גם לאחר העברת סמכויות לרשות הפלסטינית נשארו אזורים אלה נתונים לשליטתה האפקטיבית של ישראל, ומאז נובמבר 2001 לשליטתה הישירה והמוחלטת.  לפיכך הם עדיין מהווים שטח כבוש בו אחריותה של ישראל לשירותי הבריאות מוחלטת. עצם התנערותה של ישראל מאחריות זו מהווה הפרה של המשפט הבינלאומי.

בנוסף להתנערותה מאחריות, מציבה ישראל מכשולים בפני מערכת הבריאות אותה מנהלים הפלסטינים עצמם. המכשול המרכזי העומד בפני התושבים הפלסטינים בדרכם לקבלת שירותי בריאות הוא ההגבלה הגורפת על חופש תנועה בתוך השטחים הכבושים עצמם, בין הגדה המערבית לרצועת עזה, ומהם אל מדינות אחרות. בשל מדיניות הסגר, אזורים שלמים מנותקים ממרכזים עירוניים אשר באופן מסורתי מספקים להם שרותי רפואה. כך היכולת לקבל טפול רפואי שניוני, ושלישוני וכן רפואת חרום נפגעת באופן אקוטי.