מחלקת שטחים כבושים מקבלת פניות פרטניות מחולים וצוותים רפואיים בעזה, בגדה המערבית ובמזרח ירושלים, ומקיימת קשר שוטף עם ארגוני בריאות וגופי זכויות אדם בשטחים. עבודה פרטנית זו והשותפות עם ארגונים מקבילים בשטחים, מאפשרת לנו לגבש תמונה רחבה לגבי שרותי הבריאות בשטחים והאופנים בהם הם נפגעים כתוצאה מהכיבוש המתמשך, מדיניות הסגרים, ביתור הגדה מניעת תנועה חופשית, וכן מפעולות שירותי הביטחון.

בנוסף לעמדה העקרונית לפיה רואה רל"א את ישראל, ככוח הכובש, אחראית למתן שירות רפואי לתושבי השטחים הכבושים ולאפשר להם גישה חופשית לצורך זה, דורשת רל"א ממדינת ישראל לקחת אחריות במקרים של הפרות קשות של זכויות אדם ופגיעה גופנית באנשים ובתשתיות בעקבות פעולותיה הצבאיות בכלל ובעקבות המתקפה על עזה בפרט.

כל עוד אין הסדר מדיני שמביא לסיום הכיבוש, ועד להשגתו של הסדר כזה, הן תושבי השטחים הכבושים והן תושבי מדינת ישראל חיים תחת אותו ריבון. רל"א פועלת מתוך הבנה זו לקידום שוויון בתחום הבריאות בין שתי הקבוצות.

המחלקה מקבלת למעלה מאלף פניות בשנה מחולים ובני משפחותיהם אשר יציאתם לטיפול רפואי, שאינו זמין באזור מגוריהם, נמנעת על ידי הרשויות הישראליות בראשות הצבא והשב"כ. בנוסף מטפלת המחלקה בפניותיהם של צוותי רפואה מהשטחים המבקשים לצאת להשתלמויות והכשרות בתחום התמחותם הרפואית ולבוא במגע עם עמיתיהם בקהילה הרפואית העולמית.